Neuer, în vârstă de 37 de ani, s-a alăturat inițial echipei bavareze în 2011, înainte de a fi numit căpitan șase ani mai târziu.
El a revenit după 10 luni de absență din cauza unei accidentări la genunchi în octombrie.
"Sunt fericit să rămân la FC Bayern pentru încă un an", a declarat Neuer într-un comunicat al clubului.
"După lunga mea accidentare, am revenit în plină activitate.
"Este o distracție imensă pentru mine să fiu pe teren cu această echipă", a adăugat el.
Neuer a câștigat Liga Campionilor de două ori și Bundesliga de 11 ori cu Bayern, precum și Cupa Mondială din 2014 pentru Germania.
Portarul cu numărul doi, Sven Ulreich, a ajuns, de asemenea, la un nou acord, la 35 de ani.
A doua clasată, Bayern se află la două puncte de liderul campionatului, Bayer Leverkusen, înainte de a primi sâmbătă vizita micuței Union Berlin.
În Liga Campionilor, ei s-au calificat deja în optimi cu două meciuri din grupă rămase de disputat, inclusiv meciul de miercuri de acasă cu Copenhaga.