Rubiales a fost criticat pe rețelele de socializare pentru că a sărbătorit cu Hermoso în timpul ceremoniei de decernare a medaliilor, după ce Spania a învins Anglia cu 1-0 și a ridicat trofeul pentru prima dată.
"Nu mi-a plăcut", a declarat mijlocașul spaniol Hermoso într-un live stream pe Instagram după meci, deși râdea în timp ce vorbea.
Ulterior, Hermoso a spus că momentul a fost un "gest natural de afecțiune".
"A fost un gest reciproc total spontan din cauza bucuriei imense pe care o aduce câștigarea unei Cupe Mondiale", a declarat Hermoso, în comentarii transmise AFP de federația spaniolă.
"Președintele și cu mine avem o relație excelentă, comportamentul său cu noi toți a fost excepțional și a fost un gest natural de afecțiune și recunoștință.
"Un gest de prietenie și recunoștință nu poate fi atât de exagerat, am câștigat o Cupă Mondială și nu ne vom abate de la ceea ce este important".
Înfrângerea Spaniei la Cupa Mondială a fost afectată de controverse legate atât de relația federației, cât și a selecționerului Jorge Vilda cu jucătoarele.
Mai multe vedete de top au protestat împotriva echipei naționale înaintea turneului, dar multe jucătoare și-au revizuit apoi poziția și trei au fost incluse în echipă.
Rubiales a fost un susținător ferm al lui Vilda, iar RFEF a fost criticată pentru poziția sa fermă față de cele 15 jucătoare protestatare.
Hermoso, care joacă la echipa mexicană Pachuca, a ratat un penalty în meci, dar Spania a reușit să se impună prin golul marcat de Olga Carmona în prima repriză.
"Am jucat așa cum am vrut să jucăm și am câștigat o Cupă Mondială", a declarat Hermoso, emoționată, în lacrimi, după meci, pentru postul spaniol de televiziune La 1.