City se confruntă cu acuzațiile pentru presupuse încălcări ale regulamentelor și normelor financiare între 2009 și 2023 - acuzații pe care le neagă cu tărie.
Khaldoon a declarat că este "frustrant" să audă referiri repetate la acuzații, în timp ce City, deținută de Abu Dhabi, a câștigat al patrulea titlu istoric consecutiv în Premier League.
Vorbind presei interne a clubului în discursul său anual de sfârșit de sezon, Khaldoon a spus: "Bineînțeles, este frustrant. Cred că referința este întotdeauna frustrantă.
"Având în vedere modul în care se vorbește despre asta, este frustrant, desigur, pentru baza noastră de fani, pentru toți cei asociați cu clubul, să audă aceste acuzații menționate în mod constant.
"Noi, ca și club, trebuie să respectăm faptul că există un proces prin care trebuie să trecem și vom trece prin el. Durează mai mult decât a sperat oricine, dar este ceea ce este".
De asemenea, el a îndemnat autoritățile fotbalistice să dea dovadă de "mai multă sensibilitate" în modul în care supraveghează finanțele jocului.
Khaldoon a făcut aceste remarci înainte ca ziarul The Times să relateze marți că City a emis o cerere legală prin care contestă validitatea regulilor privind tranzacțiile cu părți asociate (APT) din Premier League.
Aceste reguli se referă la cluburile care semnează contracte de sponsorizare cu companii legate de proprietarii lor.
The Times a relatat că City a lansat o acțiune în justiție împotriva Premier League, invocând "discriminare" - o acțiune care ar putea avea consecințe de anvergură.
The Times a declarat că City va încerca să pună capăt regulilor APT, despre care se înțelege că sunt ilegale, și va cere daune.
Premier League a înăsprit regulile privind APT-urile în februarie.
Consecințe de anvergură
Ascensiunea rapidă a lui City a fost ajutată de acordurile de sponsorizare cu o serie de părți afiliate din Golf. Etihad Airways, cu sediul în Abu Dhabi, este atât sponsorul stadionului, cât și al tricoului lui City.
Între timp, cluburile implicate în competițiile gestionate de organismul european de guvernare UEFA în sezonul următor vor putea cheltui doar 80% din venituri pentru costurile echipei, cum ar fi salariile jucătorilor, transferurile și onorariile agenților, urmând ca această cifră să scadă la 70% după aceea.
Khaldoon a declarat: "Sper că există un pic mai multă sensibilitate în reglementare, (că există) întotdeauna o abordare echilibrată.
"Acest lucru este bun pentru toate ligile, fie că este vorba de Anglia sau de restul Europei. Cred că nu veți mai vedea același nivel (de cheltuieli de transfer) ca în ultimii ani, din cauza nivelului de reglementare care a intrat în vigoare în ultimele 12 luni."
The Times a relatat că contestarea de către City a regulilor APT va fi difuzată în cadrul unei audieri de arbitraj care va începe luni.
Dacă City are succes, ar putea însemna sfârșitul sistemului APT și ar lăsa cluburile libere să încheie acorduri comerciale fără o supraveghere independentă.
Președinții cluburilor din Premier League se vor reuni joi pentru adunarea generală anuală și, potrivit rapoartelor din Marea Britanie, între 10 și 12 dintre cele 20 de cluburi vor preciza că susțin poziția existentă cu privire la regulile de sponsorizare.
În același interviu acordat presei interne, Mubarak a mai spus că este încrezător că va găsi "soluția potrivită" în ceea ce privește viitorul managerului Pep Guardiola la club.
Guardiola, al cărui contract este valabil până în 2025, a pus sub semnul întrebării viitorul său pe termen lung pe Etihad după ce a obținut luna trecută al patrulea titlu de campion consecutiv, recunoscând că este dificil să găsească motivația după atâtea succese susținute.
"Cu Pep, am mai avut această conversație de multe ori de-a lungul anilor de contract", a spus Khaldoon.
"Pep a fost întotdeauna pe deplin angajat în acest club, pe deplin angajat în fiecare contract pe care l-a semnat cu noi.
"Decizia cu privire la viitorul său este întotdeauna o decizie pe care o luăm împreună și nu am nicio îndoială că vom găsi, așa cum am făcut-o întotdeauna, soluția potrivită care să funcționeze pentru Pep și să funcționeze pentru noi."