Messi a fost nevoit să iasă după 37 de minute împotriva lui Toronto FC din cauza unei accidentări și a lipsit de la meciul de luni cu Orlando City.
"Vom decide mâine în funcție de cum se simte", a spus Martina.
El a adăugat că Messi a suferit o recidivă la o accidentare mai veche, dar a sugerat că ar putea reveni pentru finală, în timp ce fundașul Jordi Alba este și el incert.
Messi, în vârstă de 36 de ani, a semnat pentru clubul din MLS în iulie, după ce contractul său cu Paris St-Germain a expirat.
În legătură cu disponibilitatea sa, Martina a adăugat: "Există întrebări. Jucătorul, finala (US Open Cup) și ce urmează după. Aceste trei scenarii trebuie evaluate, nu este vorba doar de următorul meci. Riscul există întotdeauna, dar încercăm să diminuăm marja de risc.
"Dacă nu ar fi fost o finală, nu ne-am fi asumat niciun risc, dar pentru că este o finală, există o șansă să ne asumăm acest risc."
Internaționalul argentinian a ajutat-o deja pe Inter Miami să câștige Cupa Ligii, învingând-o în finală pe Nashville SC la penalty-uri.
Inter Miami nu a pierdut niciunul dintre cele 12 meciuri în care a jucat Messi. Argentinianul a marcat 11 goluri și a bifat cinci pase de gol.